Секвенирование фрагмента ДНК
Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора
Подробнее 
Определение видового состава микробного сообщества на основании сравнения последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК
1. Выделяем тотальную ДНК микробного сообщества.
2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования.
3. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК — около 1450 нуклеотидов.
4. Вариант 1.2. Секвенируем заданное число клонов — 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 — для 4-7 видов, 100 — для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов)
5. Идентифицируем полученные последовательности — BLAST 6. Для
Подробнее 2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования.
3. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК — около 1450 нуклеотидов.
4. Вариант 1.2. Секвенируем заданное число клонов — 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 — для 4-7 видов, 100 — для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов)
5. Идентифицируем полученные последовательности — BLAST 6. Для
Филогенетический анализ видовой принадлежности эукариотического организма
1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма.
2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК (ядерный геном), COI (митохондриальный геном), других маркеров по запросу.
3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ)
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в
Подробнее 2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК (ядерный геном), COI (митохондриальный геном), других маркеров по запросу.
3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ)
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в
Определение видовой принадлежности прокариотического организма на основе сравнения последовательностей 16S рРНК
1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма.
2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК.
3. Секвенируем полученный ПЦР-фрагмент, сравниваем полученную последовательность с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание
Подробнее 2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК.
3. Секвенируем полученный ПЦР-фрагмент, сравниваем полученную последовательность с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание